Na wojskowe jednostki organizacyjne prokuratury w Polsce składają się następujące organy: Naczelna Prokuratura Wojskowa, wojskowe prokuratury okręgowe, wojskowe prokuratury garnizonowe oraz inne jednostki tworzone w miarę potrzeby. Wojskowe jednostki organizacyjne są tworzone i znoszone przez Ministra Obrony Narodowej w porozumieniu z Ministrem Sprawiedliwości, który określa ich siedziby oraz zakres terytorialny działania.

Naczelna Prokuratura Wojskowa posiada swoją siedzibę w Warszawie. Naczelną Prokuraturę Wojskową stanowią Naczelny Prokurator Wojskowy oraz podlegli mu prokuratorzy Naczelnej Prokuratury Wojskowej. Istnieją dwie wojskowe prokuratury okręgowe, w Warszawie i Poznaniu. Wojskową prokuraturą okręgową kieruje wojskowy prokurator okręgowy, który jest prokuratorem przełożonym prokuratorów wojskowej prokuratury okręgowej oraz prokuratorów prokuratur niższego szczebla (wojskowych prokuratur garnizonowych). Istnieje 13 wojskowych prokuratur garnizonowych na terenie Polski. Wojskową prokuraturą garnizonową kieruje wojskowy prokurator garnizonowy, który jest prokuratorem przełożonym prokuratorów wojskowej prokuratury garnizonowych.